Las catacumbas de San Gennaro están situadas en dos niveles que no se superponen, ambos caracterizados por espacios extremadamente grandes (6000 metros cuadrados en total), a diferencia de las catacumbas romanas más famosas. Esto es gracias a la facilidad de trabajo y a la fuerza del césped amarillo napolitano.
El patrimonio artístico conservado en las catacumbas se extiende desde los elementos paganos del siglo II d. C. hasta las pinturas bizantinas de los siglos IX y X d. C. El núcleo original de las catacumbas de San Gennaro data del siglo II d. C. Probablemente se refiere a la tumba de una familia noble que luego donó el espacio a la comunidad cristiana.
La expansión comenzó en el siglo IV d. C., después de la deposición de los restos de San Agripino, primer santo patrón de Nápoles, en la basílica subterránea dedicada a él. Los espacios amplios y las formas regulares reciben silenciosamente a los visitantes en un lugar atemporal. El imponente vestíbulo inferior, con techos de hasta seis metros de alto, cuenta con una gran pila bautismal encargada por el obispo Pablo II, quien en el siglo VIII se refugió en las catacumbas de San Gennaro durante la crisis iconoclasta. Una de las zonas más impresionantes es el vestíbulo de la catacumba superior, decorado en el llamado estilo pompeyano a principios del siglo III y que alberga las primeras pinturas cristianas del sur de Italia.
Quizás el lugar de más valor es la Cripta de los Obispos, donde se encuentran preciosos mosaicos del siglo V, incluido uno que representa a San Quodvultdeus, obispo de Cartago.
